在这一过程中，我国政府职能管理部门不断加强对发展军民两用技术的宏观协调和行业指导，发挥政府部门的推动作用。国防科工委成立军民两用技术促进工作组，以协调和指导军民两用技术的发展，并制定了军民两用技术发展规划与编制了相应的计划。特别是1999年以来，国防科工委先后与北京市、湖北省先后签订协议书，积极推动军民两用技术的研究开发与创新。
国防科工委与北京市政府于1999年11月24日签订科技合作协议，决定共同构建高科技产业化区域网络，加速军民两用技术产业化的建设，推进国防科技与首都经济的结合，建设北京国防高科技虚拟园区。园区建设目标是展示知识经济时代鲜明特点、具有我国特色的世界一流的拥有自主知识产权的国防科技、军民两用技术和民用高科技的创新基地。
国防科工委与湖北省政府于2000年11月23日签订科技合作协议，拟在武汉东湖新技术开发区设立军民两用技术虚拟产业园，决定以军民两用技术产业化领域合作为主线，加快国防科技成果的推广，以及军民两用技术的产业化，促进湖北省高新技术产业发展。
部分军工企业和科研院所积极从事军民两用技术的研究开发，并积极探索适应社会主义市场经济需要的新机制和管理办法，极大地丰富了我国军民两用技术研究开发实践。如，中国工程物理研究院相继出台了《中物院军民两用技术开发项目管理办法》、项目申报指南和相应的管理规程和工作程序。
