文件及文件夹的碎片化
当硬盘空间被不断的占用而用户又不断的拷贝和删除文件时，不止mft主文件表会出现碎片，而且文件和文件夹也会出现碎片化。这同样会导致系统运行性能的降低，所以推荐使用碎片整理工具定期对硬盘的碎片进行整理。从windows 2000开始，硬盘碎片整理工具已经成为了系统的一部分。虽然其性能并不是特别强大，但是仍然可以很大限度的提高系统的整体性能。
当然，即使我们没有这样的工具也仍然可以使用下面的一些方法来整理硬盘分区的碎片。比如：把所有文件和文件夹拷贝到另一个分区，以让原来的分区尽可能的清空，然后再把所有的文件和文件拷贝回原来的分区。虽然这样做比不上使用专业的磁盘碎片整理工具，但是，它还是可以相当有效的提高磁盘的运行性能。
注意: 如果你有针对这些文件和文件夹做一些安全和权限的设置，那么在不同的分区之间移动文件可能导致你丧失这些性能。另外，如果想要完全避免文件夹碎片化，建议在安装应用程序和拷贝大量的文件之前先对硬盘做一次完全的碎片整理
页面文件的碎片化
在大多数的情况下，我们不可能对页面文件（pagefile.sys）的碎片进行整理，包括一些普通的碎片整理工具，这是因为页面文件在不断的被操作系统使用来作为虚拟内存的存储。但是，我们还是可以通过运用下面的方法来进行手动整理。
方法一，如果我们有两个硬盘分区，那么可以把页面文件设置到另一个分区后重启电脑，然后对对原来的分区进行碎片整理，等碎片整理好了，再把页面文件的位置恢复到原来的分区上再重启电脑。
方法二，如果我们只有一个分区，那么可以先把页面文件的大小降低到最小，然后重启电脑，然后对硬盘进行碎片整理，碎片整理好后再恢复页面文件的原来大小，然后重启电脑。
ntfs分区上的文件压缩
压缩可以为我们的硬盘节省大量的空间，但是由于cpu速度，分区大小以及压缩数据类型的不同而导致系统总体性能的可能增加或者降低。比如，如果我们有一个比较快速的cpu和一个相对低速的硬盘，那么推荐对数据进行压缩。因为经过压缩后的文件会占用比较小的硬盘空间，因此我们对压缩文件的解压读取会比从慢速的硬盘读取没有压缩的大量文件花费比较少的时间。
而且如果硬盘越大（>8gb）,那么文件压缩对系统性能的影响也越大。当然，我们还必须避免对一些不可能被压缩的文件进行压缩，比如：jpg图片文件，zip压缩文件，等等。比较理想的可压缩文件为文本文件，bitmap图片等等。
把分区从fat格式转换成ntfs格式
如果我们不是在新建的ntfs分区上安装windows系统，而是从fat格式转化成ntfs格式的，那么通常在分区格式的转换过程中会导致mft出现碎片，所以系统在转化后的分区上运行速度可能会慢很多。而且普通的碎片整理工具一般也不会对mft进行整理。如果你需要整理mft碎片，可以考虑备份所有的系统文件，然后重新格式化硬盘成ntfs并建立相应的簇区然后在做数据恢复。
推荐文章:
how to: use the disk defragmenter tool in windows 2000 (q318759)
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;q318759
the default cluster size for the ntfs and fat file systems (q314878) :
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;q314878
how ntfs reserves space for its master file table (mft) (q174619)
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;q174619
推荐碎片整理工具：
executive的diskeeper。
该工具是我到目前而止所见过的最有效的磁盘碎片整理工具。其最新的9.0版不但比以前所有的版本更加有效地整理mft，页面文件及文件和文件夹的碎片，其速度也更快。而且最新的administrator版本还实现了对大数量的服务器的碎片管理的集中处理，用户还可以通过到其网站下载一个免费配件安装后支持ad群策略。
