许多嵌入式系统不存在一个磁盘或者一个文件系统。没有它们中的任何一个，Linux也可以运行。正如前面提到的那样,应用任务可以随同内核一起被编译并在启动时作为一个映像被加载.对简单系统来说,这已经胜任.不过,它却缺少前面描述到的各种灵活性.
事实上,如果你观察过许多商业性嵌入式系统,你会发现他们把文件系统作为可选项来提供.大部分要么是一个私人拥有的(专门)文件系统,要么是一个与MS-DOS兼容的文件系统.Linux不但支持许多其它文件系统也支持MS-DOS兼容的文件系统,通常推荐使用除MS-DOS兼容文件系统以外的其它文件系统,因为它们有较优的健壮性和容错性.Linux也有检查和修复工具(不过商业卖主一般不提供),这对从网络上进行更新的闪存系统尤为重要.如果系统在升级中断电,可能导致系统无法再用.一个修复工具通常可以排解此类问题.
文件系统可以放在一个传统磁盘驱动中,或闪存中,或任何可用的其它介质中.同样,一个小的RAM disk常常可以很好地存放暂时性文件(易失性文件).闪存被分隔成很多小块(并被组织起来).它们中可能有一个引导块,它存放了CPU上电后运行的第一个软件.可能存放的就是Linux的引导程序.余下的闪存块可以被用作文件系统.Linux的内核可以被引导程序从闪存中拷贝到RAM中;或者,作为另一种选择,可以把内核放在闪存的一个独立区中并从那里直接运行.
对一些系统来说,另一可行的选择是包含一个廉价的CD-ROM驱动.它可能比闪存还要便宜.并且借助更换CD-ROM盘片就可很容易地得到升级.通过这种方法,Linux只需从CD-ROM启动并可以像对一个硬盘那样从该CD-ROM中获得所有用到的程序.
