Windows 9x/Me中的Win.ini等文件记录了系统的软硬件的管理信息，而msdos.sys、io.sys等文件又是操作系统的命脉所在，所以Windows 9x/Me的故障多半是由上述文件配置不当或丢失而引起。在这里我们对配置文件scanreg.ini进行适当的修改，使Windows所带的注册表检查与恢复程序不但可以检查注册表，而且还可以对系统文件进行备份。具体的方法如下：
1. 用文本编辑器打开scanreg.ini文件，在“boot”字段下加入下列语句：
Backup=1； /1表示备份，0表示不需要备份
Optimize=1； /1表示优化注册表，0表示不优化
ScanregVersion=0.001； /0.001表示指定备份文件名的格式
MaxBackupCopies=5； /5表示最大备份数为5份
BackupDirectory=D:\bakup； /指定备份文件压缩包存放的路径
Files=Dir CODE，FILE1，FILE2，FILE3
需要指出的是FILE1等为需备份的文件名，Dir CODE为所需备份文件所在的文件夹，其中“10”为Windows 98安装目录，“11”为Windows 98\System目录，“30”为启动目录，例如：Files=30，autoexec.bat，config.sys，msdos.sys，io.sys，command.com。
2. 修改完成后，Windows 9x在每天第一次运行时会根据配置对指定的文件进行备份，并保存在BackupDirectory指定的目录中。当Windows 9x操作系统启动时，报告系统文件丢失不能够正常启动的时候，可以使用引导盘进入DOS环境，在Windows 9x安装目录下执行SCANREG命令，待检查完成后选择所需要恢复的备份文件就可以完成系统文件的恢复工作。
（二）在Windows 98中直接恢复
