目前，支持这种格式的操作系统有Windows 95、Windows 98、OSR2、Windows 98 SE、Windows Me、Windows 2000和Windows XP，Linux Redhat部分版本也对FAT32提供有限支持，然而，如果Linux安装在FAT32分区下，必须使用软盘进行引导。但是，这种分区格式也有它明显的缺点，首先是由于文件分配表的扩大，运行速度比FAT16格式要慢，特别是在DOS 7.0下，性能差别更明显。
FAT32的限制：
1)最大的限制在于兼容性方面，Fat32不能保持向下兼容。
2)当分区小于512M时，Fat32不会发生作用。
4)单个文件不能大于4G。（精确数据是4G－2bytes）。
