面对启动过程中的失败，主要有两个处理方法，一是用完好的源程序覆盖出现问题的程序，但其难点在于如何在各类软件包中找到那些完好的源程序，注意，直接调试、修复出现问题的程序在Win 9X下是难以想象的；一是从启动配置文件(CONFIG.SYS、AUTOEXEC.BAT、Win.INI、SYSTEM.INI和注册表)中删除调用有问题模块的命令。后者主要用于解决某软件卸载失败出现的问题。
在图形模式GUI下解决系统问题时多会受到种种限制，而纯DOS模式不受系统制约，是最后的系统之门(对于电脑高手来说，DOS仍是永恒的主题)。
Windows系统的复杂性决定了排除那些莫名其妙的故障的难度，若对系统经过几次调整后仍未解决问题，最保险也是最快捷的办法就是重新安装系统。也许这是微软对用户唯一有用的建议。
在Windows下重新安装系统，要保证产品的序列号一致，否则系统可能拒绝安装。
九、Win 9X启动顺序小结
本文详尽地讨论了Win 9X的启动过程，复杂的参数和技术分析模糊了其清晰的体系结构，现在对整个启动过程做一简单的概括，使读者根据启动过程中的现象能够相对准确地判断启动过程，更好地处理系统启动过程中的问题。
⑴系统加电启动，依次加载扩展卡(包括显卡等)、主板的BIOS程序(这与所有的操作系统(如Win 9X、LINUX、UNIX、OS/2等)无关)，完成自检过程
⑵读入硬盘的主引导记录、分区引导记录，自动加载IO.SYS
⑶IO.SYS读取MSDOS.SYS配置，确定启动方式，根据CONFIG.SYS，进行硬件配置
⑷IO.SYS根据Win 9X启动要求，自动加载必要的默认驱动程序(HIMEM.SYS、SETVER.EXE，IFSHLP.SYS等)
⑸IO.SYS调入COMMAND.COM，解释执行AUTOEXEC.BAT，进行软件配置
⑹IO.SYS进行必要的默认环境设置
⑺自动执行Win.COM，进入GUI启动阶段
⑼加载SYSTEM.INI中[BOOT]、[386ENH]、[DEVICES]等节设置的驱动程序
⑽根据SYSTEM.INI、Win.INI和系统注册表进行系统组合、配置，各类启动时调用的VXD文件主要存放在C:\Windows\SYSTEM下的VMM32和IOSUBSYS下
⑾加载SYSTEM.INI中的“SHELL=”指定的外壳程序
⑿执行系统注册表中的HKEY_LOCAL_MACHINE→Software→Microsoft→Windows→CurrentVersion下的Run、RunOnce中包含的应用程序(其中RUNONCE包含的程序只运行一次后就被自动删除，该键主要用于软件安装)，通常默认加载Internat.exe(输入法)、Systray.exe(音量控制)和Win 98的ScanRegw.exe/autorun。
⒀当用户完成身份登录后，系统执行HKEY_CURRENT_USER→Software→Microsoft→Windows→CurrentVersion下的Run、RunOnce中包含的应用程序
⒁执行Win.INI中的LOAD= RUN=加载的应用程序
⒂执行开始菜单中［启动］组包含的应用程序
